中華環保聯合會在被《環保法修正案(草案)》規定成為唯一一家擁有環保公益訴訟權的機構后，又被曝出其會員有一些是曾經被曝光的“污染大戶”，并讓其繳納會費。

據媒體調查發現：中華環保聯合會采取企業、個人兩種會員方式，企業會員根據級別不同，每屆分別繳納1萬-30萬不等的費用。而在這些企業會員中，很多都是曾被曝光的“污染大戶”。《中華環保聯合會關于會員會費收取與使用管理辦法》規定，個人會員暫不繳納會費，單位會員會費收取按每屆5年收費，標準是：一般單位會員每屆繳納會費1萬元；理事單位會員每屆繳納會費5萬元；常務理事單位會員每屆繳納會費10萬元；副主任委員單位會員每屆繳納會費15萬元；主任委員單位會員每屆繳納會費30萬元。

面對質疑，中華環保聯合會副主席兼秘書長曾曉東曾通過媒體回應說：“中華環保聯合會不會權力尋租、接受賄賂，將接受法律、社會、其他民間環保組織和媒體的監督。”

但爭議并未就此平息。具體而言，這些質疑主要針對兩點。其一，二審稿將有權提起環境公益訴訟的主體限定為中華環保聯合會和省級環保聯合會。有評論認為，這其實是將其“凌駕”于其他環保組織之上，有違公平；其二，中華環保聯合會是一家從事環境保護事業的社會組織，如果既收取捐款，又收污染企業的會費，其公益性將如何得到保證？